L'histoire de Baten Kaitos Origins, débute avec deux protagonistes : Sagi et Guillo. Sagi est un jeune garçon originaire d'Hassaleh, et plus particulèrement d'un petit village appelé Sheratan. Sagi est un peu particulier, en effet, il partage son esprit avec un autre être : son ange gardien. Il est ce qu'on appelle un "spiriter". Sagi, quand il était petit, a trouvé Guillo enterré dans les bois à proximité de son village. Guillo est une étrange poupée androgyne, qui possède une voix mêlant celle d'un homme et d'une femme, il suit Sagi partout où il va.

Sheratan a essuyé la perte de nombreux hommes du village. En effet, l'Empire, Alfard, a par la force réquisitionné la main d'oeuvre nécessaire au développement de ses cités. Beaucoup d'enfants se sont retrouvés orphelins, c'est pour cette raison que Gena, la mère de Sagi, a pris l'initiative de créer un orphelinat. Sagi souhaite aider sa mère et les enfants c'est pour celà qu'il va rentrer dans le Dark Service qui n'est autre qu'une milice à la solde d'un homme politique de l'Empire : Baelheit.

Pour sa première mission au sein du Dark Service, Sagi va devoir assassiner l'empereur actuellement au pouvoir : Olgan, manifestement, Baelheit complote contre ce dernier . Cette mission présente deux avantages pour Sagi : d'une part la possibilité de ramener de l'argent à l'orphelinat, et d'autre part une occasion inespérée de se venger de l'empire.
La mission débute, le commando se dirige devant la résidence de l'empereur. Le capitaine du Dark Service et une femme du nom de Valara (très vindicative envers Sagi) font diversion, pendant que le reste des soldats, dirigés par Sagi, s'infiltrent dans la résidence.
Le groupe fini par arriver devant le bureau de l'empereur, une conversation filtre sous la porte :
Homme : Bonne nuit, votre Impériale Majesté. Je suis tellement désolé d'avoir négligé de vous visiter.
Olgan : Vous ! ... Bien sûr. La commission dehors est de votre fait. J'aurais du me douter qu'un jour le serpent ambitieux que vous êtes se pencherait vers la trahison !
Homme : Je suis au regret de ne pas vous suivre, Votre Magnificence. A quelles ambitions faites vous donc référence ? Et la trahison ? Le Seigneur de toute les nations ne devrait pas sauter à des conclusions hâtives. De plus, je n'ai rien à voir avec la commission dehors. Ou devrais-je dire...

Le commando fait intrusion dans le bureau, et croise l'homme mystérieux. Ce dernier prononce les mots "Empereur Olgan, si vous voulez bien m'excuser, je vais prendre cette liste des afterlings de Malpercio." et quitte les lieux. Le commando s'approche de l'empereur, pour s'apercevoir avec stupeur qu'il est déjà mort. C'est à ce moment précis que le groupe de Sagi se fait illuminer par des projecteurs, le capitaine du Dark Service s'avance et condamne à mort le groupe pour l'assassinat de l'empereur. En somme, Sagi s'est fait trahir, qui plus est pour un meurtre qu'il n'a pas commis. Les soldats du capitaine ouvrent le feu, Sagi et Guillo prennent la fuite. C'est à ce moment là qu'un monstre gigantesque surgit devant eux.
Le combat semble impossible à remporter. Néanmoins contre toutes attentes, Guillo devient soudainement incontrôlable, et terrasse le monstre. Sagi ressent alors une très vive douleur au crâne, et se réveille dans un autre monde... Deux hommes inconnus s'adresse à lui. Ils semblent le connaitre et s'inquiètent de son état car il semble s'être évanoui. Sagi ne comprend ni où il est, ni qui ils sont, il décide toutefois de les suivre pour en apprendre davantage. Ces deux hommes se nomment Thoran et Seph, et ils semblent préocuppés. Le groupe entame sa progression dans un territoire désertique, et c'est au détour d'une falaise que l'on rencontre deux nouveaux personnages. Ven et Pieda, respectivement frère et soeur de Thoran et Seph.

Seph : Pieda ! Ven ! Qu'est-ce que vous êtes en train de faire?! Restez hors de vue!
Pieda : Ce n'est plus nécessaire. Il a déjà effacé les villageois.
Seph : .....! ...Nous avons trop tardés.
Pieda : ça s'est joué à un fil. Rasalas avait de jeunes enfants, aussi...Les pauvres.
Seph : Nous devrions fouiller le village pour être surs. Il pourrait ne pas avoir eu tout le monde.
Pieda : Bonne idée. Divisons nous puis revenons ici ensuite.
Seph : Je ne suppose qu'espérer ne peut pas faire de mal...
Le groupe rentre dans un étrange village, des lumières volent de toutes part, et plus étonnant encore, tous les villageois possèdent l'aspect de fantômes sans toutefois se rendre compte de leur état.
Sagi : Toutes ces lumières... Que sont-elles ? Je peux sentir les sentiments des gens... Leurs coeurs, en provenance des lumières...Ahh...Oh, ma tête....Ugg...Pas encore!

Sagi se réveille auprès de Guillo, dans la résidence de l'empereur. Ils n'ont pas le temps de discuter et doivent prendre à nouveau la fuite. Dans leur course effrenée, un homme effeminé surgit soudainement devant eux, et les entraine vers un chemin dérobé. Il explique qu'il s'apelle Geldoblame, qu'il est de leur côté. Il précise également qu'il sert Quaestor Verus, spiriter et dirigeant des affaires militaires de l'empire. Il propose à Sagi et Guillo de se cacher dans les égoûts, et une fois leur cavale terminée, de venir trouver Quaestor Verus pour qu'ils obtiennent des réponses à leur questions vis à vis des évènements de la nuit passée. Sagi et Guillo se sauvent par les égoûts, et se faufilent dans Mintaka. Toutefois ils finissent par être repérés par un groupe de soldats.
la situation est assez critique lorsque soudainement, une jeune fille leur vient en aide. Le groupe parvient à défaire les soldats, même celui nommé Giacomo, qui se trouve être particulièrement fort. Au grand mécontentement de Guillo, la jeune fille, nommée Milliarde (Milly) décide de les accompagner dans leur fuite. Le groupe nouvellement formé quitte l'empire via un vaisseau accosté au port, et se dirige vers Sheratan....
La suite à venir !